Начать нужно с того, что сюжет данной игры является сиквелом к одноименному роману романе "Parasite Eve", написанному японцем по имени Хидеки Сана (Hideaki Sena) в 1997 году. Вся история кружится вокруг двадцатипятилетней Айи Бреи (Aya Brea), новичка Полицейского Департамента Нью-Йорка (NYPD).

Начинается история с серии заставок. Заставок надо сказать очень качественных, часть из них сделана на движке и смотрится немного размыто, особенно в близи. Другая часть это видео, вероятно, самого лучшего качества, которое могло существовать на приставках в то время. Ну так вот... В заставках показывают, как Айя отправляется вместе со своим бой-френдом в оперу. Постановка начинается, следует небольшая серия сцен, после которой выходит солистка и следует ее ария. Весь зал застывает, наслаждаясь каждым звуком голоса певицы, а затем следует невероятное и непонятное. Каждый зритель в зале начинается самовозгораться и моментально превращается в обгоревшие останки. Так происходит с каждым, кроме как вы уже конечно догадались - Айи! Надо отметить, что Айя еще по ходу концерта заметила, что с солисткой что-то неладно. С этого момента начинается путешествие Айи, готовьтесь к интересной истории, о которой надо сказать

Но вернемся к митохондриям. Отмечу, что сюжет игры сделан очень качественно и связан с наукой. Те, кто еще помнит биологию, уже знают, что это за "звери" и какова их функция. Митохондрия это не вирус, это основной органоид живой клетки. Его функция заключается в снабжении клетки энергией. Т.о. образом каждая митохондрия, коих в клетке может быть до нескольких тысяч штук, является местом производства энергии. Так случилось, что какая то из митохондрий смогла значительно эволюционировать, обрела интеллект и появилась "Ева". Именно она и появилась в опере. И у вас есть шесть дней на то чтобы помешать ее завоеваниям. В приключениях Айи ей будут помогать ее напарник, полицейский Дэниэль (Daniel) и японский ученый по имени Маеда (Maeda).